Banyak faktor-faktor yang mempengaruhi gangguan gizi pada balita, baik itu secara langsung dan tak langsung ataupun secara sengaja maupun tidak disengaja, diantara faktor-faktor yang menyebabkan gangguan gizi pada balita secara tidak langsung adalah sebagai berikut :
a) Ketidaktahuan akan hubungan makanan dan kesehatan
Dalam kehidupan masyarakat sehari-hari sering terlihat keluarga yang berpenghasilan cukup akan tetapi makanan yang dihidangkan seadanya saja. Dengan demikian, kejadian gangguan gizi tidak hanya ditemukan pada keluarga yang berpenghasilan kurang akan tetapi juga pada keluarga yang berpenghasilan relatif baik (cukup). Keadaan ini menunjukkan bahwa ketidaktahuan akan faedah makanan bagi kesehatan tubuh mempunyai sebab buruknya mutu gizi makanan keluarga,khususnya makanan anak balita.Masalah gizi Karena kurang pengetahuan dan keterampilan dibidang memasak menurunkan komsumsi anak, keragaman bahan dan keragaman jenis masakan yang mempengaruhi kejiwaan misalnya kebosanan.
b) Prasangka buruk terhadap bahan makanan tertentu
Banyak bahan makanan yang sesungguhnya bernilai gizi tinggi tetapi tidak digunakan atau hanya digunakan secara terbatas akibat adanya prasangka yang tidak baik terhadap bahan makanan itu. Penggunaan bahan makanan itu dianggap dapat menurunkan harkat keluarga.Jenis sayuran seperti genjer, daun turi, bahkan daun ubi kayu yang kaya akan zat besi, vitamin A dan protein dibeberapa daerah masih dianggap sebagai makanan yang dapat menurunkan harkat keluarga.
c) Adanya kebiasaan atau pantangan yang merugikan
Berbagai kebiasaan yang bertalian dengan pantang makan makanan tertentumasih sering kita jumpai terutama di daerah pedesaan.Larangan terhadap anak untuk makan telur, ikan, ataupun daging hanya berdasarkan kebiasaan yang tidak ada datanya dan hanya diwarisi secara dogmatis turun temurun, padahal anak itu sendiri sangat memerlukan bahan makanan seperti itu guna keperluan pertumbuhan tubuhnya.Kadang-kadang kepercayaan orang akan sesuatu makanan anak kecil membuat anak sulit mendapat cukup protein.Beberapa orang tua beranggap ikan,telur, ayam, dan jenis makanan protein lainnya memberi pengaruh buruk untuk anak kecil. Anak yang terkena diare malah dipuasakan (tidak diberi makanan).Cara pengobatan seperti ini akan memperburuk gizi anak. ( Dr. Harsono, 1999).
d) Kesukaan yang berlebihan terhadap jenis makanan tertentu
Kesukaan yang berlebihan terhadap suatu jenis makanan tertentu atau disebut sebagai faddisme makanan akan mengakibatkan tubuh tidak memperoleh semua zat gizi yang diperlukan.
e) Jarak kelahiran yang terlalu rapat
Banyak hasil penelitian yang membuktikan bahwa banyak anak yang menderita gangguan gizi oleh karena ibunya sedang hamil lagi atau adiknya yang baru telah lahir, sehingga ibunya tidak dapat merawatnya secara baik.Anak yang dibawah usia 2 tahun masih sangat memerlukan perawatan ibunya, baik perawatan makanan maupun perawatan kesehatan dan kasih sayang, jika dalam masa2 tahun itu ibu sudah hamil lagi, maka bukan saja perhatian ibu terhadap anak akan menjadi berkurang.
Akan tetapi air susu ibu ( ASI ) yang masih sangat dibutuhkan anak akan berhenti keluar.Anak yang belum dipersiapkan secara baik untuk menerima makanan pengganti ASI, yang kadang-kadang mutu gizi makanan tersebut juga sangat rendah, dengan penghentian pemberian ASI karena produksi ASI berhenti, akan lebih cepat mendorong anak ke jurang malapetaka yang menderita gizi buruk, yang apabila tidak segera diperbaiki maka akan menyebabkan kematian.
Karena alasan inilah dalam usaha meningkatkan kesejahteraan keluarga, disamping memperbaiki gizi juga perlu dilakukan usaha untuk mengatur jarak kelahiran dan kehamilan.
f) Sosial Ekonomi
Keterbatasan penghasilan keluarga turut menentukan mutu makanan yang disajikan.Tidak dapat disangkal bahwa penghasilan keluarga akan turut menentukan hidangan yang disajikan untuk keluarga sehari-hari, baik kualitas maupun jumlah makanan.
g) Penyakit infeksi
Infeksi dapat menyebabkan anak tidak merasa lapar dan tidak mau makan.Penyakit ini juga menghabiskan sejumlah protein dan kalori yang seharusnya dipakai ntuk pertumbuhan.Diare dan muntah dapat menghalangi penyerapan makanan.Penyakit-penyakit umum yang memperburuk keadaan gizi adalah diare, infeksisaluran pernapasan atas, tuberculosis, campak, batuk rejan, malaria kronis, cacingan. (Dr. Harsono, 1999).